三内丸山遺跡は、今から約5900年前～4200年前の縄文時代の集落跡で、長期間にわたって定住生活が営まれていました。

　平成4年からの発掘調査で、竪穴建物跡、大型竪穴建物跡、大人の墓、子どもの墓、盛土、掘立柱建物跡、大型掘立柱建物跡、貯蔵穴、粘土採掘坑、捨て場、道路跡などが見つかり、集落全体の様子や当時の自然環境などが具体的にわかりました。
また、膨大な量の縄文土器、石器、土偶、土・石の装身具、木器（掘り棒、袋状編み物、編布、漆器など）、骨角器、他の地域から運ばれたヒスイや黒曜石なども出土しています。

　ヒョウタン、ゴボウ、マメなどの栽培植物が出土し、DNA分析によりクリの栽培が明らかになるなど、数多くの発見が縄文文化のイメージを大きく変えました。
2000年11月には国特別史跡に指定されました。